โครงการขององค์การแพทย์ไร้พรมแดน (Doctors Without Borders / Médecins Sans Frontières – MSF) ที่เมืองคุนดูซเริ่มขึ้นในเดือนสิงหาคม 2554 ในฐานะโรงพยาบาลขนาด 55 เตียงให้การดูแลผ่าตัดฉุกเฉินและการรักษาต่อเนื่องสำหรับผู้ได้รับบาดเจ็บจากระเบิด เศษโลหะ และกระสุนปืน ซึ่งเป็นผลจากเหตุขัดแย้งที่ดำเนินอยู่ในขณะนั้น ก่อนที่จะมีโรงพยาบาลให้บริการในพื้นที่ หากประสบอุบัติเหตุรุนแรงจะต้องเดินทางไกลและเสี่ยงภัยไปยังกรุงคาบูล (Kabul) หรือประเทศปากีสถาน (Pakistan) หรือใช้บริการคลินิกเอกชนที่มีค่าใช้จ่ายสูง หลังจากโรงพยาบาลแห่งนี้เปิดดำเนินการ โรงพยาบาลก็ขยายตัวอย่างรวดเร็วจนมีจำนวนเตียงเพิ่มขึ้นเป็น 70 เตียง และภายในปี 2558 ก็ขยายเป็น 92 เตียง โรงพยาบาลคุนดูซเป็นศูนย์ดูแลผู้บาดเจ็บจากอุบัติเหตุเฉพาะทางแห่งเดียวในภาคเหนือของอัฟกานิสถาน (northern Afghanistan)

ในเดือนกันยายน 2558 การสู้รบที่คุนดูซทวีความรุนแรงขึ้นเมื่อกองกำลังตาลีบัน (Taliban forces) เข้าควบคุมเมืองและสามารถยึดเมืองได้ในที่สุด ก่อนที่จะเสียเมืองคืนอีกครั้งในไม่กี่สัปดาห์ต่อมา โรงพยาบาลตั้งอยู่ในแนวหน้าของการสู้รบและรับผู้บาดเจ็บจำนวนมาก จึงได้เพิ่มจำนวนเตียงเป็น 110 เตียง และต่อมาเป็น 150 เตียง ผู้ป่วยมีจำนวนมากจนกระทั่งเมื่อถึงปลายเดือนกันยายน จำนวนผู้ป่วยล้นโรงพยาบาลจนต้องทำการรักษาผู้ป่วยในสำนักงาน ห้องตรวจ และผู้ป่วยต้องนอนพักฟื้นบนพื้นแทนเตียง ในช่วงเวลานี้ศูนย์อุบัติเหตุคุนดูซยังคงเปิดให้บริการ แม้ว่าอำนาจการควบคุมเมืองจะเปลี่ยนมือไปมา

“เราภูมิใจอย่างยิ่งที่ได้รักษาทุกคน ไม่ว่าจะเป็น ผู้หญิง ผู้ชาย เด็ก โดยไม่คำนึงถึงเชื้อชาติหรือความเกี่ยวข้องทางการเมือง” ดร. เอสมาตุลลาห์ เอสแมท (Dr. Esmatullah Esmat) ผู้รอดชีวิตจากการโจมตีทางอากาศเมื่อ 10 ปีก่อนและปัจจุบันทำงานเป็นรองที่ปรึกษาทางการแพทย์โครงการศูนย์อุบัติเหตุคุนดูซ (deputy project medical adviser for the Kunduz trauma centre) กล่าวไว้

หลังการโจมตีโรงพยาบาลถูกทำลายอย่างหนักจนไม่สามารถเปิดบริการได้อีกต่อไป การเข้าถึงบริการดูแลสุขภาพฉุกเฉินสำหรับผู้คนนับพันจึงลดลงอย่างมาก ซึ่งขณะนั้นถือเป็นช่วงเวลาที่จำเป็นที่สุด กว่าองค์การแพทย์ไร้พรมแดนจะกลับมาให้บริการทางการแพทย์ในพื้นที่อีกครั้งก็ต้องใช้เวลานานกว่าหนึ่งปี และใช้เวลานานกว่านั้นในการเริ่มให้บริการดูแลผู้บาดเจ็บอีกครั้ง โรงพยาบาลประจำภูมิภาคคุนดูซ (Kunduz regional hospital) ทำงานทุ่มเทอย่างหนักเพื่อปิดช่องว่างด้านความต้องการทางการแพทย์ในช่วงเวลาที่ศูนย์อุบัติเหตุคุนดูซยังไม่พร้อมให้บริการ

องค์การฯ ยังคงให้การสนับสนุนสถานพยาบาลระดับอำเภอ (District Advanced Post – DAP) ในเขตชาเฮอร์ดารา (Chahardara) ซึ่งเป็นอีกเขตหนึ่งในจังหวัดคุนดูซ และอยู่ภายใต้การควบคุมของฝ่ายต่อต้านรัฐบาล เจ้าหน้าที่พยาบาลสามารถให้การดูแลบาดแผลเบื้องต้นแก่ผู้ที่ได้รับบาดเจ็บ อย่างไรก็ตาม การส่งต่อผู้ป่วยไปรับการรักษาต่อที่ศูนย์อุบัติเหตุคุนดูซไม่สามารถทำได้อีกต่อไป การรักษาทางการแพทย์ที่มีอยู่จำกัดและทำได้มีเฉพาะบริการพื้นฐานเท่านั้น ดังนั้น เท่ากับว่าเส้นทางการช่วยชีวิตถูกตัดขาดลงอย่างสิ้นเชิง

องค์การแพทย์ไร้พรมแดนจำเป็นต้องรับรู้และเข้าใจสถานการณ์ที่เกิดขึ้นและจัดการกับความสูญเสียของผู้ป่วย เพื่อน และเพื่อนร่วมงาน แม้ว่าองค์การแพทย์ไร้พรมแดนจะได้แจ้งพิกัดตำแหน่งจีพีเอส (GPS) ของโรงพยาบาลไปยังกระทรวงกลาโหมสหรัฐฯ (U.S. Department of Defense) กระทรวงมหาดไทย (Ministry of Interior Affairs - Afghanistan) และกระทรวงกลาโหมของอัฟกานิสถาน (Ministry of Defense - Afghanistan) และกองทัพสหรัฐฯ (U.S. Armed Force) ในกรุงคาบูลแล้วก็ตาม การโจมตีทางอากาศก็ยังเกิดขึ้น ถึงแม้ว่าหลังเกิดเหตุจะมีการหารือร่วมกันกับเจ้าหน้าที่ของทั้งรัฐบาลสหรัฐฯ (U.S. Government) และรัฐบาลอัฟกานิสถาน (Afghanistan Government) ในทุกระดับ องค์การฯ ไม่มั่นใจว่าการสอบสวนที่เป็นอิสระและเป็นกลางอย่างแท้จริงจะเกิดขึ้นเนื่องจากการสอบสวนดำเนินการโดยผู้ที่เกี่ยวข้อง ด้วยเหตุนี้องค์การแพทย์ไร้พรมแดนจึงเรียกร้องให้มีการสอบสวนอย่างเป็นทางการโดยคณะกรรมการสืบสวนข้อเท็จจริงด้านมนุษยธรรมระหว่างประเทศ (International Humanitarian Fact-Finding Commission) อย่างไรก็ตาม การสอบสวนนี้ไม่สามารถเกิดขึ้นได้หากไม่ได้รับความยินยอมจากทั้งรัฐบาลสหรัฐฯ และรัฐบาลอัฟกานิสถาน ในเดือนพฤศจิกายน 2558 องค์การฯ จึงตัดสินใจเผยแพร่รายงานภายใน (internal review) ขององค์กรต่อสาธารณะ

ในเดือนมกราคม 2560 องค์การฯ ตัดสินใจเดินหน้าสร้างโรงพยาบาลศูนย์อุบัติเหตุแห่งใหม่ในพื้นที่อื่นของเมือง และเมื่อได้รับที่ดินพร้อมทั้งดำเนินการเก็บกู้ระเบิดแล้ว การก่อสร้างก็เริ่มต้นในปลายปี 2561 ในขณะเดียวกัน ในเดือนกรกฎาคม 2560 องค์การฯ ได้เปิดคลินิกผู้ป่วยนอกขนาดเล็กที่คุนดูซ เพื่อให้การรักษาผู้ป่วยที่มีบาดแผลและบาดเจ็บจากอุบัติเหตุเล็กน้อย แต่คลินิกนี้ต้องปิดให้บริการในเดือนเมษายน 2566 เนื่องจากการระบาดของโรคโควิด-19 (COVID-19) และไม่ได้เปิดบริการอีกเลยนับตั้งแต่นั้น

ในปี 2564 เมื่อการสู้รบทวีความรุนแรงขึ้นที่คุนดูซ เจ้าหน้าที่องค์การฯ ยังรอคอยการก่อสร้างโรงพยาบาลพยาบาลใหม่ให้แล้วเสร็จ โดยได้ตั้งศูนย์อุบัติเหตุชั่วคราวขนาด 25 เตียงในสำนักงานองค์การฯ เพื่อรักษาผู้บาดเจ็บจากสงคราม ในที่สุดเมื่อวันจันทร์ที่ 16 สิงหาคม 2564 องค์การฯ ได้ย้ายผู้ป่วยทั้งหมดจากศูนย์อุบัติเหตุชั่วคราวไปยังศูนย์อุบัติเหตุคุนดูซแห่งใหม่ ตามที่เจ้าหน้าที่การแพทย์ที่ประจำอยู่ที่นั่นได้กล่าวไว้ว่า “เราให้บริการทางการแพทย์ไปพร้อมกับการก่อสร้าง การทำงานของคนงานก่อสร้างและผู้เกี่ยวข้องนั้นรวดเร็วและน่าทึ่งมาก”

เมื่อเมืองกลับคืนสู่ความสงบหลังสิ้นสุดการสู้รบ การรักษาทางการแพทย์ตามความต้องการของผู้ป่วยจึงเริ่มเปลี่ยนไป แทนที่จะเป็นบาดแผลจากการถูกยิงและระเบิด เจ้าหน้าที่เริ่มเห็นอุบัติเหตุจราจรทางบกเพิ่มขึ้น เนื่องจากผู้คนรู้สึกปลอดภัยมากขึ้นที่จะเดินทาง การเปลี่ยนแปลงที่กล่าวมานี้ยังคงมีเรื่อยมา โดยในปี 2566 มีการเริ่มโครงการดูแลความต้านทานต่อเชื้อจุลชีพ (antimicrobial resistance stewardship programme) และปี 2568 เริ่มให้บริการดูแลผู้ป่วยจากบาดแผลไฟไหม้